Annelies Pauwels doet onderzoek naar radicalisering en terrorisme bij het Vlaams Vredesinstituut. In het verleden verrichtte ze onderzoek naar misdaadpreventie en strafrecht bij verschillende internationale organisaties, waaronder het EU Institute for Security Studies (EUISS), United Nations Office on Drugs and Crime (UNODC) en UN Interregional Crime and Justice Research Institute (UNICRI).
Haar vorige onderzoeksprojecten waren gericht op verschillende aspecten van internationale veiligheid, met name jihadistisch en extreemrechts terrorisme, migratie en georganiseerde misdaad.
